醫療機構所排污水包括：傳染病源污水、醫療含菌污水和生活污水等三部分。醫療污水主要含有機物、氨氮及大腸菌病原體、以及傳染病源菌、病毒等污染物。若不經過處理直接排入河體，將對周圍環境造成嚴重污染，廢水中有機物易于腐化，一經腐化就能發臭，使水體變黑，導致病原體的擴散和傳播，危害人體健康，造成“前門治病，后門傳播疾病”的不良后果。因此醫院污水治理工程建設無論是對國家政策、地方經濟的發展，還是對城市水體的生態平衡保護都是非常必要的。
一級處理主要去除污水中呈懸浮狀態的固體污染物質，物理處理法大部分只能完成一級處理的要求。經過一級處理的污水，BOD一般可去除30%左右，達不到排放標準。一級處理屬于二級處理的預處理。
二級處理主要去除污水中呈膠體和溶解狀態的有機污染物質（BOD，COD物質），去除率可達90%以上，使有機污染物達到排放標準。
三級處理進一步處理難降解的有機物、氮和磷等能夠導致水體富營養化的可溶性無機物等。主要方法有生物脫氮除磷法，混凝沉淀法，砂濾法，活性炭吸附法，離子交換法和電滲析法等。
醫療污水處理設備的整個過程為通過粗格柵的原污水經過污水提升泵提升后，經過格柵或者篩率器，之后進入沉砂池，經過砂水分離的污水進入初次沉淀池，以上為一級處理（即物理處理），初沉池的出水進入生物處理設備，有活性污泥法和生物膜法，（其中活性污泥法的反應器有曝氣池，氧化溝等，生物膜法包括生物濾池、生物轉盤、生物接觸氧化法和生物流化床），生物處理設備的出水進入二次沉淀池，二沉池的出水經過消毒排放或者進入三級處理，一級處理結束到此為二級處理，三級處理包括生物脫氮除磷法，混凝沉淀法，砂濾法，活性炭吸附法，離子交換法和電滲析法。二沉池的污泥一部分回流至初次沉淀池或者生物處理設備，一部分進入污泥濃縮池，之后進入污泥消化池，經過脫水和干燥設備后，污泥被利用。
